I. Chức năng của Viện:
Viện Quy hoạch Thủy lợi Miền Nam là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, có chức năng điều tra cơ bản; nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ; đào tạo và hợp tác quốc tế; tư vấn và dịch vụ để lập quy hoạch thủy lợi nhằm điều hòa, sử dụng, bảo vệ và phát triển bền vững nguồn nước, môi trường và chất lượng nước ở các tỉnh, thành phố phía Nam.
II. Nhiệm vụ chủ yếu của Viện Quy hoạch Thủy lợi Miền Nam:
1. Xây dựng và trình Bộ:
a) Chiến lược, quy hoạch, kế hoạch dài hạn, năm năm, hàng năm, các chương trình, dự án về quy hoạch thuỷ lợi, đê điều, phòng, chống thiên tai, phát triển nguồn nước thuộc nhiệm vụ của Viện và tổ chức thực hiện sau khi được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
b) Tiêu chuẩn quốc gia, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia; định mức kinh tế, kỹ thuật, quy trình, quy phạm, hướng dẫn kỹ thuật thuộc nhiệm vụ của Viện theo quy định của pháp luật.
2. Về nghiên cứu lập quy hoạch:
a) Quy hoạch thủy lợi trên các lưu vực sông phục vụ khai thác tổng hợp nguồn nước;
b) Quy hoạch thủy lợi chi tiết tại các lưu vực sông, vùng, địa phương và hệ thống;
c) Tổng hợp, sử dụng và phân bổ nguồn nước để phát triển thuỷ lợi, thủy sản, diêm nghiệp, giao thông, công nghiệp, môi trường và chất lượng nước trên các lưu vực sông;
d) Quy hoạch thủy lợi gắn với phòng, chống thiên tai, công trình thủy lợi kết hợp nuôi trồng thủy sản;
đ) Quy hoạch khu dân cư vượt lũ; hệ thống giao thông nông thôn kết hợp bờ bao, đê bao;
e) Bổ sung sơ đồ khai thác các dòng sông, xâm nhập mặn, môi trường và chất lượng nước trên các lưu vực sông, hệ thống thủy lợi;
g) Chỉnh trị sông, chống xói lở bờ sông, bờ biển, sạt lở đất;
h) Quy hoạch cấp nước, tiêu thoát nước, chống hạn, ngập úng;
i) Ảnh hưởng của biến đổi khí hậu và nước biển dâng đến nguồn nước, hệ thống công trình thủy lợi, đê điều, phòng chống thiên tai.
3. Xây dựng quy trình vận hành các công trình hoặc hệ thống công trình thủy lợi phục vụ phát triển kinh tế xã hội, phòng chống thiên tai, bảo vệ và phát triển nguồn nước.
4. Điều tra cơ bản:
a) Điều tra về cơ sở hạ tầng thủy lợi; cơ chế, chính sách trong lĩnh vực thủy lợi;
b) Điều tra về hạn hán, xâm nhập mặn, úng ngập, diễn biến bồi lắng, xói lở;
c) Điều tra về tài nguyên nước, môi trường;
d) Điều tra về nông nghiệp, nông thôn và phát triển kinh tế xã hội.
5. Khảo sát địa hình, địa chất thuỷ văn, địa chất công trình, khí tượng, thuỷ văn, hải văn, nguồn nước, chất lượng nước, môi trường sinh thái nguồn nước.
6. Lập các dự án quy hoạch, rà soát, điều chỉnh quy hoạch:
a) Môi trường, quy hoạch bảo vệ nguồn nước, đánh giá tác động môi trường, đánh giá môi trường chiến lược, tư vấn giám sát môi trường, nghiên cứu đánh giá về trữ lượng, chất lượng nước mặt và nước ngầm, môi trường sinh thái nguồn nước cho lưu vực sông, dự báo tình hình và khả năng lan truyền gây ô nhiễm các nguồn nước và biện pháp xử lý;
b) Quy hoạch quản lý thuỷ lợi, hiện đại hoá hệ thống thủy lợi;
c) Di dân, tái định cư cho xây dựng các công trình thủy lợi, thủy điện, khu công nghiệp, khu đô thị, các vùng chịu ảnh hưởng của biến đổi khí hậu, nước biển dâng, ngập, úng, lũ quét, xói lở bờ sông bờ biển, quy hoạch dân cư, tái định cư ở những vùng trọng điểm, ven biên giới.
7. Thực hiện các chương trình, dự án đầu tư vào Viện, các đề tài nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ các lĩnh vực liên quan đến quy hoạch thủy lợi, sử dụng, bảo vệ và phát triển nguồn nước, môi trường và chất lượng nước; các dự án sông liên quốc gia theo phân công của Bộ trưởng và quy định của pháp luật.
8. Hợp tác quốc tế, liên doanh, liên kết với các tổ chức và cá nhân trong và ngoài nước trong lĩnh vực quy hoạch, quản lý nguồn nước, bảo vệ môi trường và các chương trình, đề án, dự án, đề tài nghiên cứu liên quan về nguồn nước, chất lượng nước, phòng chống giảm nhẹ thiên tai, thích ứng với biến đổi khí hậu theo theo quy định của pháp luật và quy định của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
9. Cung cấp các dịch vụ tư vấn về quy hoạch, khảo sát, thiết kế, lập dự án đầu tư, thẩm tra, thẩm định, giám sát thi công, quản lý dự án, kiểm tra chất lượng công trình thuỷ lợi, thủy sản, thủy điện, giao thông, đê điều, hệ thống cấp thoát nước khu dân cư, phòng chống giảm nhẹ thiên tai, bảo vệ khu dân cư, nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn, xử lý nước thải, rác thải, diêm nghiệp, đánh giá tác động môi trường, phát triển sản xuất nông nghiệp kết hợp với nuôi trồng thủy sản; đánh giá tác động môi trường, đánh giá môi trường chiến lược phù hợp với năng lực hành nghề, nguồn vốn và trang thiết bị của Viện theo quy định của Luật Đầu tư công, Luật Xây dựng và quy định khác của pháp luật liên quan.
10. Đào tạo, bồi dưỡng, tập huấn chuyên môn nghiệp vụ về điều tra, quy hoạch thủy lợi, quy hoạch phát triển cơ sở hạ tầng nông thôn theo quy định của pháp luật và phân công của Bộ trưởng.
11. Quản lý kinh phí, tài sản và các nguồn lực khác được giao theo quy định của pháp luật.
12. Thực hiện nhiệm vụ phòng, chống thiên tai các tỉnh, thành phố phía Nam theo phân công của Bộ trưởng.
13. Tham gia công tác phân giới cắm mốc và những vấn đề liên quan đến nguồn nước xuyên biên giới theo phân công của Bộ trưởng.
14. Thực hiện nhiệm vụ Văn phòng thường trực Ban Quản lý quy hoạch lưu vực sông Đồng Nai; Văn phòng thường trực Ban Quản lý quy hoạch lưu vực sông Cửu Long; Văn phòng thường trực Ban Quản lý khai thác Hệ thống công trình thủy lợi thuộc nhiệm vụ của Bộ theo phân công của Bộ trưởng.
15. Xây dựng trình Bộ phê duyệt đề án vị trí việc làm; quản lý tổ chức bộ máy, biên chế công chức theo ngạch, số lượng viên chức theo chức danh nghề nghiệp và người lao động theo phân cấp quản lý của Bộ và quy định của pháp luật.
16. Thực hiện các nhiệm vụ khác do Bộ trưởng giao.